In minoischer Zeit lag im heutigen Stadtgebiet der Hafen von Knossos. In der griechischen und römischen Epoche war die Siedlung unter dem Namen ‚Herakleia‘ bekannt. Nach der Eroberung Kretas durch arabische Sarazenen im Jahre 824 n.C. und dem Bau einer starken Befestigung wurde die Stadt ein militärisches und wirtschaftliches Zentrum. 1669 eroberten die Türken Iraklion und gaben ihr einen neuen Charakter.

Über den Hafen der kretischen Hauptstadt wacht ein venezianisches Kastell. Die Stadt teilt sich in ein modernes Gebiet mit Parkanlagen, Plätzen und Geschäften, sowie einen alten Kern mit prachtvollen Kirchen, der Loggia und dem Morosini-Brunnen als wichtigste Attraktionen. Bedeutend ist das Archäologische Museum von Heraklion.